一是两种管辖上级院必须双方协商、达成一致意见。无论上级法院指定管辖，还是上级检察院指定管辖，上级法院、上级检察院应向对方函告，对方无异议复函同意，对方不同意可经双方协商。达成一致意见后，上级法院、上级检察院向各自各下级管辖相对应的法院，检察院指定管辖，并应互送指定管辖副本。这样，既可以发挥检察机关的法律监督作用，又可以发挥各级检察院和各级法院之间在工作中分工协作，相互制约的作用。

二是在案件移送程序上，要有一致性。上级检察院指定管辖的案件，是级人民检察院在下达指定管辖决定的同时，将案件连同上级法院的指定管辖的副本移送到下级检察院;上级法院指定下级法院管辖的案件，上级法院作出指定管辖决定后，由原受案的下级法院将案件交上级人民检察院。然后由上级人民检察院向下级检察院指定管辖，同时将案件材料连同上级法院指定下级法院管辖的副本交下级检察院，由被指定管辖的下级检察院重新审查起诉提起公诉。这样使指定管辖程序合法，上级法院、检察院协调一致，共同授权下级院管辖权，下级法院、检察院不仅都有各自上级院管辖授权，而且协调工作，使审查起诉与审判相一致。顺利进行刑事诉讼。

三是指定管辖应到发案地开庭审理。无论上述两种管辖有利于就地调查，节约人力和物力，便于及时查明案情，使于诉讼参与人出庭诉讼;其二，扩大法制宣传教育效果，有利于震慑和打击犯罪，便于搞好预防犯罪工作。

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