首先，适用的范围不同。保付是只适用于支票的一种特殊的制度；而保证则适用于汇票及本票，不适用于支票。因此，如在支票上记载“保证”，则不生票据法上之效力。

其次，票据行为人不同。保付以付款人为限；而保证则是除票据债务人之外任何人均得为之。

再次，支票经保付后，除持票人同意，不得只对支票金额的一部分为之；而在票据保证，保证人可以只就部分金额为之。(值得注意的是，我国《票据法》规定，票据保证不能就部分份额为之)

第四，付款的效力不同。保付人付款后，支票上的票据权利义务就消灭，不存在向其他票据债务人追索问题；而保证人付款后，只消灭部分票据权利义务，只有被保证人的后手得以免除票据责任，持票人仍得向承兑人、被保证人及其前手行使追索权。

最后，行为人责任不同。支票一经保付，付款人就成为单独的、绝对的付款义务人，出票人及背书人均免除其责任。日本支票法则无此效力；保证人为保证之后，则与被保证人承担相同的责任，保证人付款后，还可以票据权利人的身份向被保证人及其前手主张票据权利。

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