首先，两者的制作主体不同。对交通事故作出责任认定实际上是公安机关依据法律行使行政职权的行为。从实际看，公安机关在处理交通事故时，首先以行政案件立案，此时公安机关并不是刑事案件的侦查机关，而是处理交通肇事案件的行政机关。鉴定结论是受公安司法机关指派或聘请的鉴定人依据自己的专业知识作出的科学判断，完全不同于公安机关依据职权作出的结论。

其次，两者存在的阶段不同。从上面我们可以看出责任认定书是在行政处理阶段中出现的，而鉴定结论恰恰是出现在刑事诉讼阶段中的。

再次，从责任认定书的内容看，责任认定书不宜作为鉴定结论。鉴定结论是鉴定人对专门性问题从科学技术角度提出的分析判断意见，而不是对直接感知或传闻的案情事实的客观陈述。而责任认定书就是根据当事人的违章行为与交通事故之间的因果关系，以及违章行为在交通事故中的作用，认定当事人的交通事故责任。案件的基本情况是责任认定书的重要内容之一，而且是必要的组成部分。

另外，从证据效力看，责任认定书也不宜为鉴定结论。责任认定书的内容是违章情节、危害结果以及两者之间的因果关系，最后判断双方的责任。而这一点也是交通肇事罪的构成要件中重要的一环。对人民检察院和人民法院来说，对当事人违章行为、危害后果以及其中因果关系的确认，是审查的重要内容，也是法律赋予的职权。也就是说，人民检察院和人民法院有权对责任认定书作出审查，判断责任认定书的有效、无效。所以，起诉书、判决书的文书内容不受责任认定书的限制。而鉴定结论一般客观性比较强，对案件中专门性问题的证明是其他证据无法取代的。一般而言，除非出现一些特殊情况，如鉴定人的资格问题、鉴定人的徇私舞弊行为等等，鉴定结论很少被推翻。

最后，公安机关一方面作为交通事故处理的行政机关，作出了责任认定，另一方面，它又以此作为交通肇事刑事案件立案以及判断犯罪嫌疑人有罪的证据，难以保证该责任认定书的公正性。

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