虽然股票期权与认股权证存在一定的相似性，认股权证本质上也是一种股票期权，认股权证从买卖分成认购权证与认沽权证，股票期权从涨跌分成看涨期权与看跌期权，但在可交易性、信用风险等方面，股票期权要优于认股权证，两者存在较大的区别为：股票期权的有效期偏短即在一年以内，而认股权证则一年以上;在交易所交易的股票期权是高度标准化的合约，而认股权证通常是非标准化的;认股权证交易不允许卖空，即使允许卖空，卖空也必须建立在先借入权证实物的基础上，而股票期权交易则可以自由卖空、自由开平仓;认股权证的行权在发行人和持有人之间进行，而股票期权的结算则由独立于买卖双方的专业结算机构进行;认股权证的做市商由发行人承担，股票期权的做市商必须经由交易所正式授权。

同一种股票既有认股权证又有股票期权，也是很常见的，例如在香港，中国移动(香港)有限公司的股票既有股票期权在交易，也有数量多达61种之多的衍生权证在交易。在理论上，给定相同的条件，标的股票(正股)相同的认股权证价格与股票期权价格应该相等，但研究表明，实际上的认股权证价格却显著高于相应的股票期权价格，原因是认股权证交易者以散户居多、市场进入门槛与交易费用均股票期权低。

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