每个用人单位的情形都不一样，要遵守自己公司的规章制度与义务。下面几种情形用人单位是可以合法扣发员工工资的，也是合法行为。

　　代扣个人所得税；2、代缴社会保险的个人缴费部分和住房公积金的个人缴费部分；3、协助执行法院判决、裁定，及其它生效的法律文书；4、抵扣用人单位的损失。按《工资支付暂行规定》第16条的规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，需要注意的是，这种情况下的扣发，有两个限制，一是每月扣除的部分不能超过劳动者当月工资的20%；二是扣除后剩余的工资不能低于当地的最低工资，若低于最低工资标准，则按最低工资标准支付。当然，对于劳动者给用人单位造成损失的，也可以选择让劳动者另行一次性赔偿单位损失，但从工资中直接扣发的话，不能违反上述规定。

　　在劳动者有缺勤的情况下，如病假或事假，用人单位按照法律规定和规章制度规定，对缺勤期间的工资另行计算，比正常上班工资要低，这不是扣发，而是缺勤期间本来就该少拿或不拿工资，是合法的。

　　用人单位在规章制度中规定，如果劳动者违反规章制度，就要进行经济性的处罚，扣工资或者罚款，这是否合法呢？简释如下：1、原《企业职工奖惩条例》规定了企业对违纪职工有一定的处罚权利，但现在《企业职工奖惩条例》已经失效，目前就全国层面而言，没有法律法规对用人单位的处罚权明文禁止，也没有明文许可；2、某些地方规定，如深圳，认可用人单位可根据有效的规章制度对员工进行一定的经济处罚；3、如果没有地方规定，实务中一般也认为，依据规章制度对员工的违纪行为进行一定的经济处罚，从工资中扣款，是不违法的。当然，处罚金额应该合理，且用人单位应证明，员工确实有违纪行为；4、从风险防范的角度来看，我们还是建议用人单位最好不要采取对员工的处罚措施，而改成浮动工资的办法。如设立全勤奖金，将考勤与全勤奖金联系起来；设立绩效奖金，将员工的表现与绩效奖金挂钩。这样虽然不是罚款，但同样能达到罚款的法律效果，而且是合法有效的。

　　所谓无规矩不成方圆，该公司用人单位可以通过制定合理合法的制度来要求员工，但不能任意使用权利来使用广大劳动者。同时大家也应该注意随时遵守公司制度。以上就是小编给出的答案，还有不懂的欢迎咨询相关律师。

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