(1)、认证相符的专用发票(包括人工校正认证相符)认证完毕后，当场向企业下达《认证结果通知书》和认证清单，要求企业当场核对发票份数，并返还企业认证相符的增值税专用发票;

(2)、无法认证、纳税人识别号认证不符和发票代码号码认证不符(指密文和明文相比较，发票代码或号码不符)的发票，将发票原件退还纳税人;

(3)、密文有误、认证不符(不包括纳税人识别号认证不符和发票代码号码认证不符)和抵扣联重号的专用发票必须当即扣留;对远程认证结果为“认证未通过”的专用发票抵扣联，应在发现的当日通知纳税人于2日内持专用发票抵扣联原件到税务机关再次认证，对仍认证不符的或密文有误的发票，必须当即扣留;

(4)、对于扣留的专用发票(包括运输发票)，认证人员应填写《增值税专用发票抵扣联扣留通知书》，随同《认证结果通知书》和《专用发票认证结果清单》交纳税人作为扣留凭证，同时填写《认证不符或密文有误专用发票转办单》，与扣留的专用发票抵扣联原件及电子数据，于发现的当日移送稽查部门;专用发票注明金额在十万元以上的，则须立即将专用发票原件和电子数据移送稽查局查处，同时将此情况立即向主管领导报告，主管税务机关要立即将此情况以电话直接通知总局，并最迟于次日将专用发票复印件、《防伪税控认证不符和密文有误增值税专用发票情况表》直接传至总局，同时逐级抄报省局。

如果企业报送税务机关认证的发票抵扣联已污损、褶皱、揉搓，无法运用认证子系统进行认证的，可允许纳税人用相应的其他联次进行认证(采集)，处理方式同上。

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